图特摩斯三世还加强同僧侣集团的关系。埃及是一个有强烈宗教传统的国家，有专门的一些人负责祭祀神灵。阿蒙神本是底比斯的地方神，由于中王朝时期的一些王朝和现在强大的第十八王朝都以底比斯为首都，使阿蒙神成了全埃及的神。